La raíz del proyecto está en México, en el Centro de Investigación y Estudios Avanzados (CINVESTAV). El doctor Rafael Rivera Bustamante, miembro de este centro y del equipo chinomexicano, explica que en el CINVESTAV llevan más de 15 años estudiando el chile. En 2011 empezaron un plan de "transcriptómica" de esta planta y un año después los científicos chinos, que vieron en Internet lo que estaban haciendo, los contactaron para trabajar juntos. Ahí se formó una alianza natural entre los dos principales productores mundiales de chile: el primero, China (entre nueve y diez millones de toneladas al año), y México, segundo con más de dos millones.
Conocer la información base del chile debe servir, en primer lugar, para mejorar los cultivos comerciales. Hacerlos más resistentes a las plagas y a las sequías. También manipular su grado de picante según la resistencia de los paladares. "En el mercado estadounidense pueden preferirlos menos picosos, pero en el mexicano no nos vale solo con que tenga buen sabor; a veces echamos de menos que piquen un poquito más".
Este es el primer chile del que secuenciaron los genes. Buscaban una variedad que fuese lo más silvestre posible para identificar mecanismos diferentes a los de las variedades comerciales. Optaron por el chiltepín, una variedad recóndita del estado mexicano de Querétaro, y lo compararon con un chile chino comercial, el zunla. Desde entonces, en total, han secuenciado 18 tipos.
El proyecto del superchile también puede traer conocimiento histórico. "Surgen preguntas: ¿cómo se domesticó el chile?, ¿cómo nuestros ancestros fueron seleccionando los distintos tipos?... Los chinos quieren saber como llegó el chile a China: ¿a través de España, en la ruta de la Nao de China entre América y Asia, o por los dos lados?".
Rivera Bustamante afirma que la genómica puede contribuir a desentrañar incógnitas del chile, una planta que tiene su origen en la zona andina de Bolivia y que luego fue domesticada en Mesoamérica. El científico cuenta que en esta región se han encontrado en cuevas y en otros lugares residuos de chile de 6.500 años de antigüedad.